Les "Ayakashi" sont des formes de vie parasite qui confèrent aux humains qui les possèdent des pouvoirs surnaturels. Yû Kusaka est un lycéen qui a perdu le
goût de la vie après la mort de son amie d'enfance Izumi, par sa faute.... jusqu'au jour où il rencontre Eimu Yoake et que sa vie bascule.
L'histoire, se déroule, 10 ans après la trame du jeux vidéo "Persona 3" - ou le héros éviter la fin du monde provoquée par les "ombres" - dans la ville de Ayanagi, située proche de la Mer du
Japon. Cette ville a été construite, dans le but de pallier, aux dégâts causes par le fléau du "syndrome d'Apathie", survenu dix ans plus tôt. Un lycéen Shin Kanzato et son jeune frère Jun,
rentrent chez leur frère ainé Ryo, ce dernier est le chef de la police d'Ayanagi, depuis dix ans déjà. A ce moment la, une série d'étranges évènements se produit dans la ville Ayanagi, telle que
la soudaine disparition de d'équipage d'un submersible en plongé, ou l'apparition de syndromes latents survenus il y a dix ans, ou le cas du corps méconnaissable d'un éléve ayant pris une
horrible apparence. Serait-ce du aux "ombres" se nourrissant de l'âme de leurs victimes à Ryo traque l'organisation cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son "Persona" -
projection corporelle astrale permettant de lutter contre les "ombres" - se faisant il est implique dans l'incident provoquant le réveil du "Persona" de Shin.
Une histoires Fantastique qui nous raconte les mésaventures de deux sœurs. Shizuru la plus grande et qui a la faculté de voire des monstres que les gens
normaux ne peuvent pas voire. Sa petite sœur, Mizuki est, elle, très sensible aux monstres et peu facilement se faire posséder par eux. Toutes deux vivent chez leur Grand-père, séparées de leur
parents.
La lune a été colonnisé par l'homme. Les colons y vivent en paix, jusqu'au jour où les Terriens déclarent la guerre à cette pacifique colonie. Il y
eu beaucoup de morts et beaucoup de temps passa avant que la vie reprenne son court.
L'histoire commence en 2100, sur la Lune. Kurau est une fillette de 12 ans qui vit seul avec son père, sa mère étant décédée quelques années plus tôt. Kurau
s'apprête à fêter son anniversaire le lendemain avec lui. Malheureusement, il n'a pas le temps car il dirige des recherches importantes sur une nouvelle source d'énergie, ce qui l'occupe
beaucoup. Pour ne plus la voir bouder, il décide finalement d'emmener sa fille avec lui dans le laboratoire.
Une fois au centre de recherches, l'expérience commence et soudain deux lumières dorées jaillissent de la machine centrale pour aller se loger dans Kurau !
Celle-ci se désintègre pour finalement réapparaitre...mais quelque chose a changé en elle. En effet, il semblerait que quelqu'un d'autre habite le corps de la jeune fille et s'appelle
"Rynax".
En 2110, Rynax, devenue une jeune femme, exerce une profession d'agent très spécial et attend toujours de retrouver sa "paire" pour libérer Kurau. Le moment
semblerait en effet propice, après 10 années, pour cette libération.
Plusieurs années dans le futur, la technologie s'est développée au point ou les enfants (et les plus grands) peuvent créer et personnaliser des poupées pour les faire combattre grâce à la
télépathie.
Au même moment, Misaki SUZUHARA, qui va entrer en classe de quatrième, vient habiter à Tokyo, ville où se déroule la plupart des combats. Elle est témoin d'une rencontre d'Angelic Layer sur un
grand écran de la gare. Misaki est fascinée par le combat qui oppose deux "poupées", des Anges, car la plus petite des deux gagne le combat. Elle décide d'en acheter une sur le champ, aidée par
Icchan ("Monsieur It'chann" dans la vf). Elle va fabriquer son propre Ange qu'elle baptisera Hikaru ("Lumina" dans la vf) et va se préparer pour son premier combat.
Le personnage principal est aidé quand il tombe par terre dans les bois. Quand il se réveille, il n'a aucun souvenir de qui il est.
En outre, il a un masque qu'il ne peut plus enlevé. Grâce à la faveur des villageois, qui ont des oreilles et des queues animales, il a commencé à vivre dans le village. Pour remercier ceux qui
l'ont sauvé, il décide de les aider à combattre les envahisseurs de leurs terres.
Il existe au sein de notre société des êtres dotés de pouvoirs paranormaux appelés Sorciers. Depuis des années, une organisation secrète du nom de Salomon traque ces sorciers dans
le but de les empêcher de tirer profit de leurs pouvoirs pour nuire au reste de l'humanité. Cette organisation, basée en Italie et dirigée par des prêtres, possède une branche au Japon, le
STN-J. C'est justement au STN-J qu'arrive Robin, une jeune fille de 15 ans. Elle a été envoyée par Salomon en remplacement d'un agent tué au cours d'une mission
quelque temps auparavant. Elle va y faire la connaissance d'Amon, le chef de l'équipe de chasseurs de Sorciers, et de ses partenaires : Miho,
Haruto, Michael et Yurika.
Malgré des débuts difficiles, Robin s'intégrera assez rapidement au reste de l'équipe et se lancera elle aussi dans la chasse aux Sorciers, où ses talents de manipulation du feu se révéleront bien
utiles. Mais elle ne tardera pas à s'apercevoir que le STN-J et son directeur Zaizen ont des plans bien précis en ce qui concerne les sorciers qu'ils capturent, et qu'il n'hésitent pas à cacher des
informations à Salomon, la maison-mère...